כפי שהזכרתי לעיל, יש עוד טעם לנטילת ידים בבוקר והוא משום רוח רעה ששורה על הידים. הדברים אינם מבוארים במפורש בגמרא, אלא יש משמעות לדבר מתוך סוגיא במסכת שבת (קח, ע"ב). גם הזוהר מאריך בדבר (הדברים מובאים ב"בית יוסף", אורח חיים ד, ח-יא). ה"טור" הזכיר נטילת ידים משום רוח רעה, ולכן הוא פסק שצריך נטילת ידים ג' פעמים. גם הוא כתב שצריך למנוע מלגעת בידו בפה, בחוטם, באזנים ובעינים. ר' יוסף קארו (ב"בית יוסף" שם) הביא מדברי הזוהר שהוסיף מספר הלכות בנוגע לנטילת ידים משום רוח רעה: א. אין ליטול על גבי קרקע, אלא לתוך כלי. ב. אסור ליהנות ממי הנטילה. לכן, אין לשפוך אותם בבית ולא במקום שעוברים שם בני אדם. ג. יש ליטול את הכלי ביד ימינו ואז לתת אותו ליד שמאלו כדי שישפוך את המים על יד ימין בתחילה. ד. אין ליטול את ידיו ממי שלא נטל את הידים בבוקר.
להלכה למעשה, ה"שולחן ערוך" (אורח חיים ד, ב-ג; ח-יא) פסק את כל הדינים האלו: א. לערות ג' פעמים. ב. לא לגעת קודם נטילה בפיו וכו'. ג. לא ליטול על גבי קרקע. ד. לא ליהנות ממי הנטילה. ה. בדרך סדר הנטילה. ו. לא ליטול ממי שלא נטל ידיו.
אולם, יש לציין שהרמב"ם בכלל לא הביא את הדין של רוח רעה. נראה שהוא סבר שאין לחוש לדבר זה. ויש להוסיף שיש שאומרים שכיום לא צריך כל כך להקפיד על רוח רעה היא התמעטה (עיין ספר "אשי ישראל", סימן ב, הערה יז).
בעל ה"מגן אברהם" (שם, ס"ק ז) הביא מכתבי האר"י ז"ל שיש ליטול את ידיו בסירוגין. ודבר זה מובא להלכה ב"משנה ברורה" (שם, ס"ק י).
יש לציין שדעת הגר"א שיש ליטול ד' פעמים, פעם רביעית כדי להסיר מעל ידיו את המים שנטמאו ("משנה ברורה", אורח חיים ד, י).
הטעם ללקיחת הכלי בתחילה ביד ימין ולאחר מכן נתינתו ליד שמאל הוא כדי להגביר את מידת החסד על מידת הדין – ימין כנגד מידת החסד ושמאל כנגד מידת הדין. לכן, גם איטר יד יטול כמו כולם (עיין "משנה ברורה" שם, ס"ק י).
בנוגע לדין שלא לגעת קודם הנטילה בפיו וכו', יש שטענו שיש רק להחמיר בנגיעה בפנימיות האבר, אבל אם נוגע רק מבחוץ אין חשש. נוסף על כך, יש לאסור רק כשקם משינתו, אבל באמצע הלילה כשמתעורר על מנת לחזור ולישון, אין לאסור (עיין "אשל אברהם בוטשאטש"). אבל, יש שלא הסכימו לקולא זו לגעת באמצע הלילה (עיין "כף החיים" שם). להלכה למעשה, נראה שאפשר להקל בשעת הצורך. יש לצרף את הדעות שסוברות שבזמן הזה התמעטה רוח רעה, ואין כל כך לחוש לדבר.
מן הדין מותר לאדם להתלבש קודם שנוטל את ידיו, אבל ראוי שיניח לידו נטלה עם מים כדי שיוכל ליטול את ידיו מיד בקומו בבוקר ורק לאחר מכן להתלבש (עיין שו"ת "יביע אומר", חלק ח, אורח חיים, סימן א; ספר 'ליקוטי מהרי"ח' [סדר נטילת שחרית] שהביא מחלוקת אם יכול ללבוש בגדיו קודם שנוטל ידיו).
יש אומרים שאין לברך עד לאחר הניגוב ("כף החיים", אורח חיים ד, ח). יש אומרים שיכול לברך קודם הניגוב ("משנה ברורה", אורח חיים ד, ב). אם נוהג ליטול ד' פעמים, יכול לברך קודם הניגוב ("כף החיים" שם).
גם איטר יד נוטל תחילה את ימין ואחר כך את שמאל. כיון שהיסוד ליטול את ימין קודם שמאל, כיון שימין מסמל את החסד ושמאל מסמל את הדין, ורוצים שיתגבר החסד על הדין ("משנה ברורה", אורח חיים ד, כב).
אם נוטל את כל היד בשפיכת רביעית בבת אחת, לא צריך להקפיד לאחוז את הכלי במקום יבש. אך, אם נוטל בפחות מרביעית בבת אחת, צריך להיזהר שלא יגע בכלי במקום שנרטב ממי הנטילה (שו"ת "אור לציון", חלק ב, פרק א, הלכה טז).
כשאין לו מים בסמיכות אליו, יש אומרים שילך פחות פחות מד' אמות (שו"ת "אור לציון", חלק ב, פרק א, הלכה ג). ויש אומרים שעדיף שילך במרוצה למקום המים ויטול את ידיו ("שערי תשובה", אורח חיים א, ב).
יש שמקילים שכל הבית נחשב כד' אמות, אך אין לסמוך על כך אלא בשעת הדחק ("משנה ברורה", אורח חיים א, ב). אולם, יש שאומרים שכיום לא צריך כל כך להקפיד על רוח רעה (עיין ספר "אשי ישראל", סימן ב, הערה יז). יש אומרים שאם ישן לאחר חצות הלילה, לא צריך ליזהר בכך שלא ילך ד' אמות בלי נטילת ידים (שו"ת "אור לציון", חלק ב, פרק א, הלכה ג).
אסור ליהנות ממי הנטילה, כיון שרוח רעה שורה על המים. לכן, יש לשפוך אותם במקום שאין בני אדם הולכים. אבל, אפשר לשפוך אותם בתוך השירותים (עיין "שולחן ערוך", אורח חיים ד, ט; ספר "אשי ישראל", פרק ב, הלכה כב).
יש להקפיד ליטול את ידיו קודם שנוגע באוכלים, כיון שאם נוגע באוכלים קודם הנטילה הוא פוגעם באוכלים. בדיעבד אם נגע, יש להתיר לאכול את המאכל ואת המשקה (עיין "שולחן ערוך", אורח חיים ד, ה; "ביאור הלכה" שם, ד"ה לא יגע בגיגית; "משנה ברורה" שם, ס"ק יד).
יש להקפיד שגם הנשים והילדים יטלו את ידיהם בבוקר כיון שהם נוגעים במאכלים ומזיקים למאכל ("משנה ברורה", אורח חיים ד, י). יש שהבינו שיש להקפיד שהקטן יטול את ידיו כבר מגיל קטנות. אך, יש שסברו שרק מגיל חינוך (עיין ספר "אשי ישראל", פרק ב, הערה כו; ספר 'ליקוטי מהרי"ח', סדר נט"י שחרית). נראה שאפשר להקל להקפיד דווקא מגיל חינוך. נראה בפשטות, שכל עוד שהילד לא התחייב במצוות אין לו רוח רעה. לכן, הסיבה להקפיד עמו בנטילת ידים היא רק מגדר חינוך.
למעשה, כיום שיש רבים שאינם נזהרים בנטילת ידים והם עוסקים בעשיית מאכלים, כמו בבתי מאפה, אפשר להקל לאכול מהמאכלים ולסמוך על דעת הפוסקים שבדיעבד מותר לאכול מהמאכלים. וכן, לסמוך על דעת הרמב"ם שלא הביא דין רוח רעה. אולם, אם מדובר על מאכל שלא יתקלקל אם ישטפו אותו כמו פירות, נכון לשטפו ג' פעמים (עיין "משנה ברורה", אורח חיים ד, י; שם, ס"ק יד; "ביאור הלכה" שם, ד"ה לא יגע; "ילקוט יוסף", סימן ד, הלכה לד-לה; הערה לד).