כשמברכים ואומרים את השם יקוק, צריך לכוין באמירתו כפי כתיבתו וכפי אמירתו. כלומר, להתכוין ככתיבתו שהוא היה, הווה, יהיה ומהוה את העולם. גם לכוין לאמירתו שהוא אדון הכל (עיין "טור" ו"שולחן ערוך", אורח חיים, סימן ה). נראה שגם נכון שבכל התפילה יכוין בעת אמירת יקוק, לשתי הכוונות האלו[1].
יש לציין שהגר"א סבר שמצד עיקר הדין צריך לכוין שהיה, הווה ויהיה רק בקריאת שמע שאומר את השם יקוק. בכל הברכות, הולכים אחר הקריאה ולא הכתיבה ומספיק לכוין שהוא אדון הכל (עיין "משנה ברורה", אורח חיים, סימן ה, ס"ק ג).
כשאומר שם א-להים, יכוין שהוא תקיף, בעל היכולת ובעל הכוחות כולם (עיין "טור" ו"שולחן ערוך", אורח חיים, סימן ה).
ר' יוסף גרינוולד זצ"ל (בעל שו"ת "ויען יוסף", אורח חיים, סימן ג) הביא מדברי בעל "ויגד יעקב" שהביא מדברי בעל ספר "סוד יכין ובועז" שיש להקדים את הכוונה לאמירת התיבות. כגון, קודם שאומר אדון עולם אשר מלך יהרהר בלבו פירוש התיבות האלו ומתוך מחשבה זו יאמר אותן התיבות, ולא כמו שעושים להיפך שאומרים התיבות תחלה ואחר כך מכוונים פירוש המלות. וכמדומה שלא תיקנו בזה כלום, כי מה דהוה הוה שכבר אמרו בלא כונה והם כגוף בלא נשמה ורוצים להכניס נשמה בגופי התיבות. אבל, ר' יוסף גרינוולד טען שהרי אנחנו פוסקים להלכה (מסכת נדרים פז, ע"א) שתוך כדי דיבור יכולים לחזור ממה שאמר ולעשותו כמאן דליתא. לכן, הוא הדין להיפך יכולים להכניס המחשבה בתיבות שכבר אמר שנחשב כמו בבת אחת.
[1] על אף שב"טור" וב"שולחן ערוך" (אורח חיים, סימן ה) כתוב שיכוין בעת הברכות. נראה שהוא הדין בכל מקרה שאומר את השם יקוק, שהרי ה"משנה ברורה" (שם, ס"ק ג) כתב שלכל הדעות כשאומר את השם אדנות, אז לכל הדעות צריך רק לכוין שהוא אדון הכל. אין לכוין שהיה, הווה ויהיה, שזה רק מכוונים כשכתוב יקוק וקוראים בלשון אדנות. אין שום ברכה שבה כתוב אדנות ולא יקוק. אם כן, נראה שמדובר גם לעניין אמירה בתפילה. הרב בן ציון אבא שאול זצ"ל (שו"ת "אור לציון", חלק ב, פרק א, אות יח) הבין מדברי ה"שולחן ערוך" שבעיקר צריך כוונה רק בעת הברכות ולא בכל התפילה.