בעל ה"שערי תשובה" (אורח חיים, סוף סימן ז) הביא את דעת בעל ה"פרי חדש" שאם שכח לומר ברכת "א-להי נשמה" בתחילת תפילתו וזכר רק לאחר שאמר שמונה עשרה, לא חוזר ואומר ברכת "א-להי נשמה", כיון שכבר יצא ידי חובה במה שאמר ברכת "מחיה מתים" בשמונה עשרה. דבריו מבוססים על דברי הירושלמי. בעל ה"שערי תשובה" הביא את דברי בעל ה"שלמי צבור" שכתב שבעל ספר "מאמר מרדכי" פקפק בדברי בעל ה"פרי חדש", אך לעניין מעשה לא מלאו לבו לחלוק עליו. אבל, נראה שבעל ה"שערי תשובה" חלק על דברי בעל ה"פרי חדש". לדעתו, אי אפשר לקשר בין ברכת "מחיה מתים" לברכת "א-להי נשמה", כיון שברכת "א-להי נשמה" נאמרת על החזרת הנשמה בכל יום, שבשינה טועם טעם מיתה. אך, ברכת "מחיה מתים" היא על תחיית המתים שבעתיד. דברי הירושלמי נאמרו בכה"ג שבירך ברכת "מחיה מתים" בכוונה זו על החזרת הנשמה בכל יום. דעת בעל ה"שערי תשובה" שאם נזכר בדבר בשעה שהיה בשמונה עשרה עוד לפני שבירך ברכת "מחיה מתים" והיתה דעתו לברך ברכת "א-להי נשמה" לאחר התפילה, יכול לברך לאחר התפילה. הוא סבר שבכה"ג גם בעל ה"פרי חדש" יודה.
ב"משנה ברורה" (אורח חיים נב, ט) וב"ביאור הלכה" (שם, ד"ה ומכל מקום יאמר) מובאת מחלוקת זו. הוא העיר על דברי בעל ה"שערי תשובה" שמדברי בעל ספר "מאמר מרדכי" רואים שחלק על בעל ה"פרי חדש", ולהלכה למעשה סבר שאפשר לברך לאחר התפילה, רק לכתחילה כדאי לחוש לדעת בעל ה"פרי חדש" ולא יברך. עוד פוסקים חלקו על דברי בעל ה"פרי חדש", ולדעתם יברך ברכת "א-להי נשמה" לאחר התפילה. לכן, דעת בעל ה"ביאור הלכה", שמי שירצה לסמוך בדיעבד על בעל ה"פרי חדש" ולא לברך, אין למחות בידו. אבל, מי שירצה לברך ולסמוך על הפוסקים שכתבו לברך, לא הפסיד. והרוצה לצאת ידי שמים טוב שילך לישון ביום ולאחר שיקום יוכל לברך ברכת "א-להי נשמה" בלי פקפוק. שהרי כבר כתב בעל ה"בית יוסף" (אורח חיים, סימן רלא) שיש מספר ראשונים שנקטו שאם ישן ביום צריך לברך כשקם משנתו ברכת "א-להי נשמה", ועל אף שכתב בעל ה"בית יוסף" שלמעשה לא נוהגים כך, בכל זאת, במקרה שלנו נראה שלכו"ע יוכל לברך.